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      轉錄組Plus | 2020年12月研究進展(一):早產、衰老和蘋果果肉品質等

      發稿時間:2020-12-02來源:天昊生物

      1、RNA-Seq + ChIP-seq + ATAC-seq + Hi-C

      題目:Transcriptome and regulatory maps of decidua-derived stromal cells inform gene discovery in preterm birth源自蛻膜基質細胞的轉錄調控圖譜為早產的基因發現提供信息

      發表期刊Sci Adv.  

      發表時間:2020-12-2  

      影響因子:13.116

      摘要速覽:盡管早產的遺傳成分(PTB)早已被全基因組關聯研究(GWASs)識別和定位,但是PTB的分子決定因素仍然難以捉摸。這部分是由于與妊娠和PTB相關的人類細胞類型中功能基因組注釋的不完全可用。我們檢測了間基質/干細胞和體外分化的蛻膜細胞轉錄組(RNA-seq),表觀基因組(H3K27ac,H3K4me1H3K4me3組蛋白修飾的ChIP-seq),開放染色質(ATAC-seq)和染色質相互作用(啟動子捕獲的Hi-C),并建立了一個計算框架,將這些功能注釋與56384名婦女妊娠期GWAS的結果相結合。利用這些資源,我們發現了與妊娠持續時間和相關基因座靶基因相關的其他基因座。我們的策略說明了妊娠相關細胞類型中的功能注釋如何幫助GWASPTB以及其他可能與妊娠相關的狀況。